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简答题简述CoMFA方法的操作过程。
  • (1)逐一建造各化合物的分子,进行结构优化,研究药物的优势构象,并计算各原子的电荷密度。
    (2)按照合理的叠加规则,把优势构象重叠在一个能包容全部化合物的空间网格上。
    (3)根据化合物分子与受体的作用方式,选择合适的探针,在空间网格中移动。所选择的探针,取决于被考察的力场的特征。 用H2O分子做探针,可研究药物与受体的疏水作用和氢键作用。用CH3探针代表范德华力力场,可研究药物与受体的立体作用,用H+探针体现静电力场,研究药物与受体的电性作用。
    (4)探针每移动一个步长,计算其在空间网格上与各原子的相互作用能量,包括立体能和静电能。将能量数据与生物活性用偏最小二乘法(PLS)和交叉验证确定分析建立力场与活性的QSAR方程。
    (5)建立等高线,该图形用红、蓝、黄、绿4种不同颜色,表达化合物立体和电性性质。绿色和黄色区域代表立体场对化合物活性的影响,绿色区域表示在该区域附近存在体积大的基团利于活性的提高,黄色区域则表示该区域不宜于引入位阻大的基团,否则会降低化合物活性。红色和蓝色区域代表静电场对活性的影响:红色区域表示引入负电性基团有利于提高活性,蓝色区域则表明引入正电性基团有利于活性提高。
    (6)可以根据上述图形所表达的信息设计新的化合物并预测活性。
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