计算机辅助药物设计中，直接药物设计常用的方法哪些。

正确答案：（1）分子对接法，又称数据库搜寻法。该法首先要建立拥有大量化合物的三维结构数据库，用DOCK程序，把库中的分子逐一与靶标分子进行“对接”，通过不断优化小分子化合物的结构，寻找小分子与靶标大分子作用的最佳构象，计算其相互作用能，并在三维数据库搜寻与受体受点区域中心相匹配的最佳分子。
（2）活性位点分析法（ASA）。该法首先要分析哪些原子和基团可以和受体活性部位有较好的相互作用，把这些原子和基团作为碎片，连接成分子。
（3）模板定位法。模板定位法是通过药效团定出一个药物与受体作用的模板，该模板通过生长、旋转、等得到基本骨架，按照受体的腔穴，定出靶标边界，这是一级结构的生成。从有关数据库搜索与受体受点结合的原子或原子团，设计新的化合物。
答案解析：
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