A、处理对象不同。大额支付适用于同城或异地跨系统之间业务往来，收报行一般不是农行；网内往来适用于系统内往来，收报行只能是农行机构。

B、会计科目、专用账户运用及账务处理不同。大额支付间接参与者是通过通存通兑往来与清算行进行清算，网内往来是2个网点通过通存通兑形式实现资金划拨。

C、技术处理流程不同。大额支付是由经办网点发起，通过AIPS前置、ABIS主机和人行PMTS前置进行处理，处理环节相对较多；网内往来是由经办网点发起，直接通过ABIS主机更改数据库数据，处理环节相对较少

D、报单种类及部分业务类型不同。大额支付处理贷记业务和即时转账来账业务，与网内往来不同的业务种类有国库资金汇划、银行间同业拆借和退回；