A、只允许 VLAN99 使用中继链路。

B、交换机端口 Fa0/1 和 Fa0/3 配置了标准中继协议。

C、应该将交换机端口 Fa0/1 和 Fa0/3 配置为接入端口，以允许来自多个 VLAN 的数据访问交换机 S1。

D、因为已经使用 switchport mode dynamic auto 命令配置了相连的所有接口，所以交换机将为接口 Fa0/1 和 Fa0/3 协商中继链路。