A、分析非共价连接的蛋白-蛋白，蛋白-配体，蛋白-核酸等复合物是可通过ESI或MADL离子源

B、HDX-MS可应用于蛋白质结构及动态变化研究、抗原/抗体相互作用位点发现、抗原表位/抗体表位及活性位点鉴定等方面的研究

C、IM-MS可用于完整蛋白和蛋白复合物的结构表征

D、进行蛋白定量时，用于代替蛋白的特征肽段的氨基酸序列应仅存在于目标蛋白中，从而避免存在内源性干扰