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简答题简述3’-RACE。
  • 3’RACE用于mRNA已知序列下游(即3’端)未知序列的扩增,可分为两步。
    (1)以与polyA尾巴互补的序列为引物, 反转录获得3’末端第一链cDNA序列。
    (2)以靠近第一链cDNA3’端的序列为特异引物合成cDNA第二链,再PCR扩增。
    A.反转录获得3’末端第一链cDNA:3’末端本身具有PolyA,可以与引物结合。引物也同样具有oligo(dT),但这种引物在5’端有OP(Outer Primer)和IP(Inner Primer)的特殊结构,便于为以后的两轮PCR提供引物;在3’端加入一个锚定核苷酸,可以使反转录在紧接着PolyA的交界处进行,这样可以有效减少同聚物的产生。
    B.第一链cDNA3’端的扩增:设计两种引物——GSOP和GSIP。由于cDNA已含有外源性OP和IP序列,故可以用来自目的基因的GSOP和来自锚定序列的外源性OP进行第一轮扩增,用GSIP和IP进行第二轮扩增,以此增强特异性。
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